Учреждение самостоятельно формирует свою структуру, за исключением создания, переименования и ликвидации филиалов.
В состав Учреждения могут входить филиалы, отделения, учебные кабинеты и лаборатории, учебные и учебно-производственные мастерские, учебные полигоны, библиотеки, общежития и иные структурные подразделения, предусмотренные локальными нормативными актами Учреждения, осуществляющие образовательную, методическую, финансово-экономическую деятельность и иную деятельность, предусмотренную законодательством Российской Федерации и Уставом.
В состав Учреждения входят объекты производственной и социальной инфраструктуры.
Учреждение имеет в своей структуре подразделения:
- учебно-технический центр;
- ресурсный центр профессионального образования по профессиям транспорта,
- многофункциональный центр прикладных квалификаций транспортного кластера;
- региональный координационный центр WorldSkillsRussia.